Prinsip kerja mikrotom relatif sederhana, yaitu, dengan menggunakan permukaan pemotongan tajam mikrotom, objek dan bahan dipotong-potong sesuai dengan rasio atau lebar satu titik. Untuk digunakan dalam produksi atau farmasi atau kegunaan lain.
Metode alat pengiris yang berbeda juga berbeda, seperti perawatan sel atau jaringan dalam percobaan, sehingga nyaman untuk mengamati percobaan dengan mikroskop. Mikrotom putar dan geser untuk mikroskop optik
Dalam industri kertas, alat pengiris juga diperlukan, yang cocok untuk alat pengiris tipe pisau, alat pengiris drum, alat pengiris spiral, dan sejenisnya. Alat pengiris tipe pemotong terdiri dari kepala pemotong, selubung, bak pengisi, dan transmisi. Prinsip kerjanya adalah menggunakan kepala pemotong yang berat berfungsi sebagai roda gila untuk menstabilkan pengirisan.
Cara lainnya adalah memotong strip polimer menjadi pelet. Ini membutuhkan mikrotom khusus yang terdiri dari bilah panduan, roller umpan, roller tekanan, dan pemotong rotari. Prinsip kerjanya adalah: cakram pemotong digerakkan oleh transmisi variabel kontinu, dan rol umpan digerakkan oleh cakram pemotong melalui satu set gigi yang bergeser, dan cakram pemotong dilengkapi dengan sejumlah pisau sesuai dengan ukuran potong pelet. Gear yang dapat diubah dapat diubah dengan sendirinya untuk mengubah panjang potong dan transmisi variabel kontinu dapat mengubah kecepatan strip.